安装 snakemake - Shell-Bash

Snakemake是一个基于Python的workflow管理器，用于简化和管理复杂的数据分析工作流程。它允许您定义和运行有序的任务，自动执行并行计算，以及在工作流程中执行错误所需的回滚。可以利用Snakemake轻松地创建且跨平台的工作流程。

在本篇文章中，我们将介绍如何安装Snakemake并开展基本的任务。

安装

安装Snakemake，我们需要一个Python版本（>=3.5）。

推荐使用Anaconda作为Python的发行版，因为它附带了大多数流行的计算包。

conda install -c bioconda -c conda-forge snakemake

版本概览

可以使用以下命令查看Snakemake的版本信息：

snakemake --version

例如，对于Snakemake版本5.4.4：

Snakemake Version: 5.4.4

创建流程

首先，我们需要创建一个包含工作流程的Snakefile。这个文件描述了任务（规则）、输入和输出文件、以及任务之间的关系。

在当前目录下创建一个名称为Snakefile的文本文件，并在其中添加以下示例内容：

rule hello:
    output:
        "hello.txt"
    shell:
        "echo 'Hello, world!' > {output}"

以上示例描述了一个任务，该任务使用Shell执行来输出带有文本消息Hello, world!的文本文件hello.txt。

为了运行任务，我们可以使用以下示例命令执行Snakefile：

snakemake

此命令将自动运行任务并按照规则提供的依赖关系执行任务。在执行成功后，将创建和输出文件hello.txt。

结论

以上介绍了如何安装Snakemake，创建Snakefile并执行任务。Snakemake提供了一个简单而强大的方式来管理和自动运行复杂的数据分析工作流程，它适用于各种编程语言和工作流程，并可轻松扩展。