简介

alignmentSieve ATACseq 是一种用于处理 ATAC-seq 数据的 Python 程序，它可以优化对参考基因组的比对，以获得更好的准确性和更底的假阳性率。该程序使用了一种名为 “sieve” 的算法来对切割（cut）和非切割（uncut）的 DNA 片段进行分别比对，并将结果组合以获得一个更好的全局比对结果。alignmentSieve ATACseq 在处理 ATAC-seq 数据中的识别与分类，可以帮助用户发现更多的位点。

操作步骤

安装

在使用 alignmentSiever ATACseq 前，需要执行以下安装步骤：

pip install alignmentSieveATACseq

运行

运行 alignmentSiever ATACseq 前，需要执行以下操作：

1. 准备 ATAC-seq 数据和参考基因组文件。
2. 打开终端。
3. 进入 ATAC-seq 数据存储文件夹。
4. 输入以下命令：

alignAtac [options] -fa reference.fa -fq [file1] [file2]

其中，[file1] [file2] 表示 ATAC-seq 数据文件名。在 Linux 平台上，ATAC-seq 数据文件名需要以 *.fq 或 *.fastq 结尾。在 Windows 平台上，ATAC-seq 数据文件名需要以 *.fastq 结尾。

运行完成后，将输出一个 BAM 文件。

选项

alignmentSiever ATACseq 可以使用以下选项：

| 选项 | 描述 | | ---- | ----------------------------------------------- | | -fa | 参考基因组文件名（必需）。 | | -fq | ATAC-seq 数据文件名（必需）。 | | -bt2 | 使用 Bowtie2 取代 BWA 进行比对。 | | -o | 输出文件名（默认为 'out.bam'）。 | | -t | 线程数（默认值为 1）。 | | -v | 显示程序版本号。 | | -h | 显示程序帮助信息。 | | -L | 记录程序运行日志。在无法确定错误原因时使用此选项。|

输出

alignmentSiever ATACseq 的输出文件包括：

• BAM 文件。该文件包含每个 DNA 片段的精确比对结果。
• LOG 文件。该文件包含程序的运行日志。在运行过程中出现错误时，该文件中包含错误的详细信息。

特点

1. 使用 “sieve” 算法对切割和非切割的 DNA 片段进行分组，并在结果中组合以获得更好的全局比对结果。
2. 支持运行于 Linux 和 Windows 平台。
3. 可以使用 Bowtie2 取代 BWA 进行比对，优化比对结果。

参考资料

1. alignmentSieve ATACseq on GitHub
2. ATAC-seq数据分析
3. ATAC-seq数据分析流程详解