bcftools 查看示例信息 - Shell-Bash

简介

bcftools 是一组用于操作 vcf 和 bcf 文件的命令行工具。vcf 文件是 Variant Call Format 的缩写，vcf 文件包含了基因组变异数据的注释信息。

bcftools 可以用来快速获取和处理输入文件中示例的信息。它基于先前的 samtools 和可以与 GATK、VarDict、FreeBayes、Platypus 等软件配合使用。

用法

在 Ubuntu 系统中通过以下命令安装 bcftools：

sudo apt-get install bcftools

查看示例信息可以使用 bcftools view 命令：

bcftools view -h example.vcf

该命令会输出由 header 和 sample 组成的 vcf 文件示例信息。

如果只需要示例的名称，则可以使用以下命令：

bcftools query -l example.vcf

在以上命令中，query 子命令用于查询文件，-l 选项告诉 bcftools 只输出文件中的示例名称。

若要查看某个示例的详细信息（例如，该示例的基因型），可以使用以下命令：

bcftools view -s sample_name example.vcf

示例名称可以替换为实际文件中示例的名称，该命令会输出包含该示例信息的 vcf 文件。

结论

bcftools 是一个非常有用的命令行工具，可以用于处理基因组变异数据的注释信息和分析。上述用法仅是 bcftools 的一部分，您可以前往 bcftools 官方文档 了解更多信息。