Snakemake通配符glob

Snakemake是一个流程管理工具，它使用Python语言编写，它的主要目的是简化数据处理流程的管理，以及优化数据处理的重复部分。在Snakemake中，您可以使用通配符来管理数据处理流程。

通配符很重要，因为它使得Snakemake可以使用一组规则来处理许多相关文件。这样，Snakemake可以自动提取文件名的某些段和模式，并将它们用于新的文件名称。

其中一个通配符是'glob'，它是一个通用的Unix文件名匹配器，它允许您使用通配符模式表示文件名。

用法

使用glob通配符，您可以在规则中指定文件名模式。通配符将搜索目录中符合指定模式的所有文件，并将它们作为规则的输入文件。

rule example_rule:
    input:
        "data/{sample}_R1.fastq.gz",
        "data/{sample}_R2.fastq.gz"
    output:
        "processed/{sample}_aligned.bam"
    shell:
        "bwa mem -t 4 {input[0]} {input[1]} | samtools view -bS - > {output}"

上面的规则使用了glob通配符来匹配data/目录下的所有符合模式{sample}_R1.fastq.gz和{sample}_R2.fastq.gz的文件。

通配符特性

• 使用通配符时，需要使用花括号{}将通配符模式包裹起来。例如，{sample}_R1.fastq.gz是一个通配符模式。
• 使用通配符时，通配符名称应该在完整文件名中出现一次以上。例如，{sample}.txt不是一个合法的通配符模式，因为通配符名称sample只出现了一次。
• 当使用多个通配符时，通配符名称应该相同。例如，{sample}_R{pair}.fastq.gz是一个合法的通配符模式，它会匹配文件名sample1_R1.fastq.gz和sample1_R2.fastq.gz。
• 当使用通配符时，文件名的大小写和扩展名都应该考虑在内。例如，*.jpg匹配所有以.jpg结尾的文件，而*.JPG不会匹配小写jpg结尾的文件。

结论

使用Snakemake的通配符，可以让您更有效地管理数据处理流程，减少手动操作，自动处理重复的工作，简化数据流，提高生产力。通配符glob是其中之一，它可以帮助您更快速、更简单地操作数据处理流程，让您更专注于数据处理的核心部分。