Amber VMD命令行代码介绍

Amber VMD是一款用于可视化分子动力学模拟和分子建模的软件，它提供了多种图形界面和命令行工具，使得用户可以更加灵活地使用该软件。本文介绍了Amber VMD命令行工具的使用方法，包括常用命令和示例代码。

安装

Amber VMD是免费开源软件，可以从官方网站下载并安装。安装完成后即可在命令行中使用该软件。

常用命令

以下是Amber VMD中常用的命令行工具：

vmd -e <script.tcl>

该命令可以在命令行中执行一个Tcl脚本文件，用于自动化地执行一系列操作。例如，以下代码将打开一个pdb文件并显示其氢键：

vmd -e script.tcl

其中，script.tcl文件的内容如下：

mol new example.pdb
set sel [atomselect top all]
$sel hbonds selupdate 1

vmd -dispdev text

该命令可以使用文本输出代替图形界面显示。例如，以下代码将打开一个pdb文件并在命令行中输出其原子信息：

vmd -dispdev text -eofexit < example.pdb

vmd -eofexit

该命令可以在命令行中关闭VMD，并退出命令行。例如，以下代码将打开一个pdb文件并在命令行中输出其原子信息，之后关闭VMD并退出命令行：

vmd -dispdev text -eofexit < example.pdb

vmd -m <method> <file>

该命令可以使用指定的方法来处理一个文件。例如，以下代码将使用psfgen方法来处理一个pdb文件：

vmd -m psfgen example.pdb

以上是Amber VMD命令行工具中常用的命令。更多命令可参考官方文档。

示例代码

以下是Amber VMD命令行工具的示例代码：

批量处理文件

以下代码可以批量处理一个目录下的pdb文件，并将处理结果保存在指定的目录中：

foreach file [glob *.pdb] {
    mol new $file
    set sel [atomselect top all]
    $sel hbonds selupdate 1
    set base [file rootname $file]
    set outfilename "output/$base.png"
    render TachyonInternal $outfilename
    mol delete all
}

生成束缚能场文件

以下代码可以生成Amber的束缚能场文件：

set mol [molinfo top]
set psf [lindex [molinfo $mol get psf list] 0]
set coord [lindex [molinfo $mol get coordinates] 0]
set parmfile "AMBERPARM.F99SB"
set outfile "example.ene"
set sel [atomselect $mol "all"]

set writefile [open "tempfile" w]
puts $writefile "$parmfile\n$psf\n$coord\n$sel\n$outfile\n"
close $writefile

exec amber10bindist/sampleinput/bound.in < tempfile

以上是Amber VMD命令行工具的示例代码。更多示例可参考Amber VMD官方文档。