fslroi - Shell-Bash

fslroi是基于FSL（FMRIB Software Library）软件包的一个Shell-Bash命令行工具，用于裁剪和抽取3D和4D大脑成像数据中感兴趣的区域或时间段，以实现数据的预处理和后续分析。

用法

安装FSL软件包后，在Shell-Bash终端中输入以下命令即可使用fslroi工具。

fslroi <inputfile> <outputfile> <xmin> <xsize> <ymin> <ysize> <zmin> <zsize> [<tmin> <tsize>]

其中，inputfile是原始数据文件，outputfile是裁剪后的输出文件，xmin、xsize、ymin、ysize、zmin、zsize表示每个维度的起始坐标和长度，tmin和tsize表示第四维（时间）的起始坐标和长度。具体说明如下：

• xmin：X方向的最小坐标（从0开始计数）
• xsize：X方向的长度
• ymin：Y方向的最小坐标（从0开始计数）
• ysize：Y方向的长度
• zmin：Z方向的最小坐标（从0开始计数）
• zsize：Z方向的长度
• tmin：T方向的最小坐标（从0开始计数），可选项
• tsize：T方向的长度，可选项

示例

以下是使用fslroi工具将3D脑部成像数据裁剪为2D图片的实例。

# 假设原始数据文件名为brain.nii.gz
# 将第10个轴向（Z）的第20~30个像素裁剪出来，并输出为sliced_brain.nii.gz文件
fslroi brain.nii.gz sliced_brain.nii.gz 0 -1 0 -1 10 1 20 11

注意事项

• fslroi只能用于裁剪和抽取NIFTI格式的大脑成像数据文件，文件后缀为.nii或.nii.gz。
• 在使用fslroi时，请确保对数据的裁剪区域选择正确，避免误删或信息丢失。

参考资料

• FSL User Guide
• fslroi Documentation