@seqReaderPlugin : 一个用于读取序列数据的插件

@seqReaderPlugin 是一个用于读取序列数据的插件。他可以读取多种常见的生物序列数据，如：FASTA、FASTQ、SAM和BAM等等。他提供了一些易于使用的功能和方法来读取和处理这些数据。

使用

@seqReaderPlugin 提供了一个简单易用的API来读取序列数据，只需几行代码即可完成。主要分为以下两个步骤：

1. 导入 seqReaderPlugin 模块

import seqReaderPlugin

2. 使用相关方法来读取数据

records = seqReaderPlugin.parse("sequences.fasta", "fasta")

parse 函数可以读取指定格式的序列文件（上例是 FASTA 格式），并返回一个包含所有序列记录的列表。每个记录都包括序列标题和序列序列信息。

支持的序列格式

@seqReaderPlugin 支持多种序列格式，包括：

• FASTA
• FASTQ
• SAM
• BAM

API参考

以下是 @seqReaderPlugin 的一些常见API功能。更多详细文档请参考 文档 。

parse

records = seqReaderPlugin.parse(filepath, format)

解析指定格式的序列数据文件并返回一个包含所有序列记录的列表。每个记录都包括标题和序列信息。

参数:

• filepath — 文件路径
• format — 序列数据格式

返回值:

• records — 包含所有序列记录的列表

示例

以下示例展示了如何使用 @seqReaderPlugin 来读取 FASTA 格式的序列数据文件并输出第一个序列的标题和序列信息。

import seqReaderPlugin

records = seqReaderPlugin.parse("sequences.fasta", "fasta")
first_seq = records[0]
print("Title: {}".format(first_seq.title))
print("Sequence: {}".format(first_seq.sequence))

输出：

Title: seq1
Sequence: ATCGATCGATCG

安装

@seqReaderPlugin 可以通过 pip 安装：

pip install seqReaderPlugin

许可证

@seqReaderPlugin 使用 MIT 许可证。详见 LICENSE 文件。