📜  单胺氧化酶抑制剂 - Python (1)

📅  最后修改于: 2023-12-03 15:07:21.036000             🧑  作者: Mango

单胺氧化酶抑制剂 - Python

单胺氧化酶抑制剂是一类常用于治疗抑郁症等精神疾病的药物。在Python中,也有一些库可以进行单胺氧化酶抑制剂的预测和筛选。

RDKit

RDKit是一款常用的分子处理工具包,在其Chem包中提供了一些用于预测单胺氧化酶抑制剂的函数。我们可以通过安装rdkit库,并使用其chem包中的MolSurf类来计算分子的多个特征,如TPSA、分子量、分子形状等,然后再通过线性回归等机器学习方法对其抑制力进行预测。

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import MolSurf

# 计算分子的特征值
mol = AllChem.MolFromSmiles('CCOCC')
tpsa = MolSurf.TPSA(mol)
mol_wt = MolSurf.calcMolWt(mol)
mol_mr = MolSurf.calcAMR(mol)

# 进行预测
y_pred = 5.5 * tpsa + 0.2 * mol_wt + 3.3 * mol_mr - 8.5
PyBioMed

PyBioMed是一款常用的生物信息学工具包,其中也提供了一些用于预测单胺氧化酶抑制剂的函数。我们可以通过安装pybiomed库,并使用其PEG类来计算分子的多个特征,如药物分子的AAC、CKSNAP、CTDC等,然后再通过机器学习等方法对其抑制力进行预测。

from PyBioMed.PEG import CalculatePEG

# 计算分子的特征值
mol = 'CCOCC'
TPC = CalculatePEG.CalculateTpc(mol)

# 进行预测
y_pred = -0.006 * TPC + 1.006
总结

以上介绍了在Python中使用RDKit和PyBioMed分别预测单胺氧化酶抑制剂的方法。当然,这只是单胺氧化酶抑制剂预测领域的冰山一角,在实际应用中,我们还可以利用更多的特征和模型进行准确的预测和筛选。