\ge-Tex 命令介绍

\ge-Tex（Genetic Engineering TeX）是一款用于生成基因工程图形的 LaTeX 扩展。\ge-Tex 随着类似于 DNA 的序列的描述而生成图形，它提供了大量的命令和图形定制选项，以满足不同的需求。

下面将介绍一些常用的 \ge-Tex 命令。

原始序列

原始序列是一个基本的 DNA 序列，可以使用 \georigseq 命令来创建。例如：

\georigseq{ATGAGCCCTGCAGTTAGCTAGCTA}

这样可以生成一个原始序列图形。

模板序列

模板序列是指可以指定一些不同于原始序列的特征的 DNA 序列。可以使用 \gemaxtempseq 命令创建，例如：

\gemaxtempseq{
   pattern length = 20,
   pattern = C{1}G{3}..
   start pos = 3,
   end pos = 20,
   show pattern = true,
   show complements = true,
   show pos = true,
   complement char = X,
   highlight pattern chars = {3, 5, 7},
   highlight pattern color = blue,
   highlight complement pattern chars = {2, 4},
   highlight complement pattern color = red,
   highlight pos chars = {5, 12},
   highlight pos color = green,
}

这将生成一个模板序列图形。

疏水性

疏水性是 DNA 序列图形中的一些断面，可以使用 \gehphobase 命令生成。例如：

\gehphobase{
   sequence = ATGCCAGCCTTCAGAAGGAGCTGATGGAGGCCGTCAGTCACTCTGACCCA,
   start pos = 12,
   end pos = 26,
   mineral color = black,
   water color = white,
   thickness = 0.4,
   show text = true,
   text = HPHOB,
   text color = red,
   label pos = top,
   label text = Hphobase,
   label distance = 2,
   label color = green,
}

这将生成一个疏水性图形。

贡献性质

贡献性质是 DNA 序列图形中的一些段落，可以使用 \gecontrib 命令生成。例如：

\gecontrib{
   sequence = ATGCCAGCCTTCAGAAGGAGCTGATGGAGGCCGTCAGTCACTCTGACCCA,
   start pos = 7,
   end pos = 23,
   color = gray,
   thickness = 0.5,
   show text = true,
   text = MOIETY,
   text color = black,
   label pos = top,
   label text = Contribution,
   label distance = 2,
   label color = green,
}

这将生成一个贡献性质图形。

转录

转录是指通过 RNA 合成将 DNA 内的信息转换成 RNA。可以使用 \gecodingregion 命令生成。例如：

\gecodingregion{
   sequence = ATGCCAGCCTTCAGAAGGAGCTGATGGAGGCCGTCAGTCACTCTGACCCA,
   start pos = 7,
   end pos = 23,
   highlight start pos = 1,
   highlight end pos = 4,
   highlight color = green,
   label text = Coding Region,
   label pos = bottom,
   label distance = 2,
   label color = blue,
}

这将生成一个转录图形。

以上是 \ge-Tex 常用命令的介绍，更多详细的内容可以查看 \ge-Tex 的官方文档。