📅  最后修改于: 2023-12-03 15:07:32.304000             🧑  作者: Mango
COVID-19 是由一种被命名为 SARS-CoV-2(严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2号)的病毒引起的疾病。SARS-CoV-2 是一种新型冠状病毒(novel coronavirus),它最初于2019年底在中国湖北省武汉市被发现。
SARS(严重急性呼吸系统综合征)是另一种引起类似症状的冠状病毒。它最初于2002年在中国广东省被发现。SARS-CoV和SARS-CoV-2是不同的病毒。
SARS-CoV-2的基因组是由一条单链RNA组成。其基因组大小约为30 kb。SARS-CoV-2的基因组包括4个结构基因:S(蛋白)、E(蛋白)、M(蛋白)和N(蛋白)。其中S蛋白是冠状病毒的表面蛋白,可以通过绑定宿主细胞上的ACE2受体来进入宿主细胞。
SARS-CoV-2主要通过飞沫传播和接触传播进行传播。近距离的人际接触(少于1米)和飞沫传播最为常见。此外,长时间暴露在关闭的环境中,如办公室、学校、车辆等也有可能造成感染。
SARS-CoV-2的基因组已经被编码并且在公共数据库中可用。可以从GenBank或NCBI网站上获得SARS-CoV-2的基因组序列。在编写程序时,使用这些序列可以在生物信息学分析中进行病毒检测、比对和分析等工作。
下面是从GenBank获取SARS-CoV-2基因组序列的Python代码片段:
from Bio import SeqIO
gb_file = "NC_045512.gb"
for record in SeqIO.parse(gb_file, "genbank"):
print(record.id)
print(record.description)
print(record.seq)