//store in one variable
$multidimensional_options = array(
  'inner_array'=>array(
       'foo' => 'bar',
       'hello' => 'world',
   ),
);
  
//Update entire array
update_option('my_multi_options', $multidimensional_options);
  
//Get entire array
$my_multi_options = get_option('my_multi_options');