Fasta 文件

Fasta 文件是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储生物序列信息，如 DNA、RNA 或蛋白质序列。

文件格式

Fasta 文件由两部分组成：序列标识行和序列行。序列标识行以“>”符号开头，后面跟着序列的名称和可选的描述信息。序列行包含该序列的实际序列信息。一个 Fasta 文件可以包含一个或多个序列。

以下是一个 Fasta 文件的示例：

>sequence_1
ATCGTAACTGGGACCCATGTGCTGAACTG
ATCGTAACTGGGACCCATGTGCTGAACTG
>sequence_2
ATCAGTACGTGACGTTGGCGATGTTGACGT
ATCAGTACGTGACGTTGGCGATGTTGACGT
ATCAGTACGTGACGTTGGCGATGTTGACGT

应用场景

Fasta 文件被广泛应用于生物信息学中，例如：

• 存储基因组或基因预测结果
• 存储蛋白质序列信息
• 存储比对结果
• 存储序列注释信息

Fasta 文件的编程处理

在 Python 中，可以使用 Biopython 库来处理 Fasta 文件。以下是一个读取 Fasta 文件并打印序列信息的示例程序：

from Bio import SeqIO

# 读取 Fasta 文件
with open("sequences.fasta", "r") as handle:
    records = list(SeqIO.parse(handle, "fasta"))

# 打印序列信息
for record in records:
    print(f">{record.id}")
    print(f"{record.seq}")

该程序使用SeqIO.parse函数从 Fasta 文件中读取所有的序列记录，并使用 for 循环遍历记录列表，打印每个序列的标识和序列信息。

总结

Fasta 文件是生物信息学中常用的文件格式，用于存储生物序列信息。Python 中可以使用 Biopython 库来读取和处理 Fasta 文件。