Bash 读取 FASTA 文件序列长度

FASTA 是一款广泛用于存储生物序列的标准文件格式。在生物信息学领域中，我们经常需要处理 FASTA 格式的文件。本文将介绍如何使用 Bash 读取 FASTA 文件中序列的长度。

FASTA 文件格式

FASTA 文件格式由一个标识符行和序列行组成。标识符行以 ">" 开头，后面跟着一行描述序列的信息。序列行则包含 DNA 或蛋白质序列数据。

以下是一个 FASTA 文件的示例：

>sequence1
ATCGATCGATCG
>sequence2
CGATCGATCGAT

Bash 脚本

我们可以使用 Bash 编写一个简单的脚本来读取 FASTA 文件中序列的长度。下面是一个示例脚本：

#!/bin/bash

# 定义变量
sequence_length=0
sequence=""

# 逐行读取 FASTA 文件
while read line
do
    # 如果是标识符行，则将序列长度重置为 0
    if [[ $line == ">"* ]]; then
        sequence_length=0
    # 如果是序列行，则将序列长度加上行长
    else
        sequence_length=$((${#line} + $sequence_length))
    fi
done < "$1"

# 输出序列长度
echo "序列长度为：$sequence_length"

脚本首先定义了两个变量 sequence_length 和 sequence，用于存储序列的长度和序列数据。接着使用 while 循环逐行读取 FASTA 文件。如果读取到的行是标识符行，则将 sequence_length 重置为 0。如果是序列行，则将行长加上 sequence_length。最后，脚本输出序列长度。

运行脚本

在终端中执行以下命令，即可读取 FASTA 文件的序列长度：

bash script.sh input.fasta

其中，script.sh 是上文示例脚本的文件名，input.fasta 是要处理的 FASTA 文件名。

结论

本文介绍了如何使用 Bash 读取 FASTA 文件中序列的长度。通过上文的示例脚本，我们可以快速地处理 FASTA 文件，并获取序列的长度。