FSL 工具箱调整 - Shell/Bash

FSL 是一种功能强大的神经影像学工具箱，您可以使用它来进行函数磁共振成像数据的分析和处理。本文将提供一些有关在shell中使用FSL命令行工具的基本知识，并介绍一些常见的用例。

安装FSL

在使用FSL命令行工具之前，您需要安装FSL。可以从官方网站下载和安装。进入安装目录后，您应该设置以下环境变量：

export FSLDIR=/path/to/fsl/
. /path/to/fsl/etc/fslconf/fsl.sh

FSL常用命令

fslmaths

fslmaths是FSL中最常用的命令之一，用于执行各种图像数学运算，例如图像加、减、平均等。下面是一些常见用例：

#图像相加
fslmaths image1.nii.gz -add image2.nii.gz output.nii.gz

#图像相减
fslmaths image1.nii.gz -sub image2.nii.gz output.nii.gz

#图像平均
fslmaths image1.nii.gz -add image2.nii.gz -div 2.0 output.nii.gz

fslstats

fslstats用于计算图像的统计值，例如平均值、标准差等。以下是一些示例用例：

#计算平均值
fslstats input.nii.gz -M

#计算标准差
fslstats input.nii.gz -S

fslroi

fslroi用于将输入图像裁剪为指定的ROI。以下是一些常见用例：

#将图像裁剪为ROI
fslroi input.nii.gz output.nii.gz 10 20 30 40 1 1

#只提取一个层
fslroi input.nii.gz output.nii.gz 20 30 1 1 1 1

fslmerge

fslmerge用于将多个体积图像合并为一个4D数据集。以下是一些常见用例：

#将多个图像合并为一个
fslmerge -t output.nii.gz input1.nii.gz input2.nii.gz

fslmaths和fslstats组合

fslmaths和fslstats可以联合使用以执行更复杂的任务，例如制作掩模：

#创建一个掩模
fslmaths input.nii.gz -thr 0.5 -bin mask.nii.gz
fslmaths input.nii.gz -mas mask.nii.gz output.nii.gz

#计算掩模内的平均值
fslstats input.nii.gz -k mask.nii.gz -M

结论

我们仅介绍了一小部分有关FSL命令行工具的内容。 FSL的强大功能很难涵盖完整的一系列命令之间的交互方式，我们建议您熟悉这些基本命令并从相关文献中获取更多信息。在编写自己的脚本时，考虑将这些命令组合在一起以实现更复杂的任务。