fsl convert_xfm - Shell-Bash

概述

fsl convert_xfm 是一款 FSL（FMRIB Software Library）软件包中的命令行工具，用于转换坐标系变换矩阵文件。它可以将基于线性或非线性变换的转换矩阵以不同的格式进行转换和输出。

用途

fsl convert_xfm 的主要用途是将一个变换矩阵文件从一种格式转换为另一种格式。例如，将一个基于线性变换的矩阵文件（如 FLIRT 的输出）转换为基于非线性变换的矩阵文件（如 FNIRT 的输出）。

语法

fsl convert_xfm 的基本语法如下：

fsl convert_xfm -omat output.mat -options input.mat

其中，-omat 选项指定输出文件的名称和路径，-options 选项指定输入文件的类型和参数。

选项

fsl convert_xfm 支持如下选项：

• -omat <output.mat>：指定输出文件的名称和路径。
• -omat_inverse <output.mat>：指定输出文件为输入矩阵的逆矩阵。
• -omat_concat <output.mat> <input2.mat>：将两个变换矩阵文件合并为一个新的矩阵文件。
• -omat_mult <output.mat> <input2.mat>：计算两个变换矩阵的矩阵积后输出到新文件。
• -inverse：将输入的矩阵文件先求逆再进行转换。
• -concat <input2.mat>：将输入的变换矩阵文件与指定的矩阵文件进行合并。

示例

以下是 fsl convert_xfm 命令的一些示例：

1. 将一个基于线性变换的矩阵文件转换为基于非线性变换的矩阵文件：

fsl convert_xfm -omat nonlinear.mat -options linear.mat -nonlinear

2. 将一个非线性变换的矩阵文件求逆后输出到新文件：

fsl convert_xfm -omat inverse.mat -omat_inverse nonlinear.mat

3. 将两个变换矩阵文件合并为一个新的矩阵文件：

fsl convert_xfm -omat concat.mat -omat_concat input1.mat input2.mat

参考文献

• FSL: fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/fslconvert_xfm
• FSL course notes: fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/lectures/practicals/intro/index.html