执行命令 dynamo civid - Python

如果你是做生物学或者计算生物学方向的程序员，那么你一定会涉及到生物学软件包的使用，其中 Dynamo 是一个功能强大的 Python 生物学软件包，它提供了各种生物信息学分析工具，包括生物序列分析、多序列比对、蛋白质结构预测等等。

这里介绍执行命令 dynamo civid 的用法。

命令描述

执行命令 dynamo civid 主要是为了得到蛋白质序列的保守性指标，以辅助分析序列的功能、结构和进化等方面的问题。

命令参数

执行命令 dynamo civid 的参数如下：

dynamo civid [-d DATABASE] [-o OUTPUT] [-t THRESHOLD] fastafile

• -d, --database：指定用于计算保守性指标的数据库，默认为 Swiss-Prot。
• -o, --output：指定结果输出文件，默认为 fastafile.civid.
• -t, --threshold：指定保守性指标的阈值，默认为 0.9。
• fastafile：需要分析的蛋白质序列文件，必须是 fasta 格式。

使用示例

以一个名为 myprotein.fasta 的 fasta 文件为例，执行以下命令：

dynamo civid myprotein.fasta

将会在当前目录下生成一个名为 myprotein.fasta.civid 的结果文件。结果文件的格式为：

position aa num ncons score
1 M 160 1.0 1.0
2 L 154 1.0 1.0
3 H 155 1.0 1.0
...

其中，position 表示蛋白质序列的位置，aa 表示对应位置的氨基酸，num 表示在数据库中找到的相同氨基酸数量，ncons 表示保守性指标，score 表示适应度分数。

指定其他参数，如使用 Uniprot 数据库和指定输出文件名，可以参考以下命令：

dynamo civid -d uniprot -o myprotein.civid -t 0.8 myprotein.fasta

这样，就会生成一个名为 myprotein.civid 的结果文件，其中使用的数据库为 Uniprot，保守性指标阈值为 0.8。

总结

通过执行命令 dynamo civid，可以得到蛋白质序列的保守性指标以辅助序列的分析，它是 Dynamo 提供的众多生物信息学分析工具之一。各种参数的用法和示例也在本文中得到了介绍，希望对正在使用 Dynamo 的程序员有所帮助。