NCBI Datasets 命令行工具 - TypeScript

NCBI Datasets 是一个众所周知的生物信息学库，其中包含各种类型的生物序列、文献和注释。为了方便用户从该库中获取信息，NCBI Datasets 开发了命令行工具，使用户可以使用命令行界面来查询 NCBI Datasets 并下载相应的数据集。这个命令行工具是用 TypeScript 开发的，它提供了一个简单而灵活的方式来与 NCBI Datasets 进行交互。

安装

要使用 NCBI Datasets 命令行工具，首先需要安装它。运行以下命令即可：

npm install -g ncbi-datasets-cli

这会全局安装 NCBI Datasets 命令行工具，使你可以在任何位置访问它。

使用

查询生物序列

要查询 NCBI Datasets 中的生物序列，可以使用以下命令：

ncbi-datasets search genome "Mus musculus" --output-format markdown

这将查询 NCBI Datasets 中所有属于 Mus musculus 的基因组，并以 Markdown 格式输出结果。输出结果将包含各种详细信息，比如基因组 ID、基因组大小、序列数等等。

下载生物序列

要下载 NCBI Datasets 中的生物序列，可以使用以下命令：

ncbi-datasets download genome accession GCF_000002285.3 --filename my_genome.fasta

这将下载 GCF_000002285.3 这个基因组的序列，并将它保存到名为 my_genome.fasta 的文件中。

查询文献

要查询 NCBI Datasets 中的文献，可以使用以下命令：

ncbi-datasets search pubmed "cancer" --output-format markdown

这将查询 NCBI Datasets 中所有包含关键词 cancer 的文献，并以 Markdown 格式输出结果。输出结果将包含各种详细信息，比如文献 ID、标题、作者等等。

下载文献

要下载 NCBI Datasets 中的文献，可以使用以下命令：

ncbi-datasets download pubmed PMID:29509072 --filename my_paper.pdf

这将下载 PMID 为 29509072 的这篇文献，并将它保存到名为 my_paper.pdf 的文件中。

总结

NCBI Datasets 命令行工具是一个方便而实用的工具，它使用户能够轻松地查询和下载 NCBI Datasets 中的生物序列和文献。使用 TypeScript 开发，它提供了一个易于使用的命令行界面并保证了代码的健壮性。