merge_otu_tables.py qiime - Shell-Bash

简介

merge_otu_tables.py是Qiime软件生态系统中的一个脚本程序，它可以将多个OTU表格合并为一个表格，以便对多个样本的信息进行汇总和比较分析。该程序可以同时处理多个样本的OTU表格，并且可以指定需要保留或删除的OTUsID或样本ID。该程序的输出结果可以用于后续的多样本比较分析和可视化结果展示。

使用语法

merge_otu_tables.py -i input_dir -o merged_otu_table.biom

参数说明

• -i : 输入OTU表格所在的文件夹路径。
• -o : 输出合并后的OTU表格的BIOM格式文件路径。
• --output_mapping_fp : 输出OTU表格样本信息文件的路径。
• --sample_id_fp : 指定需要保留或删除的样本ID列表的路径。
• --otu_id_fp : 指定需要保留或删除的OTUsID列表的路径。
• --biom_output_format : 指定BIOM格式的版本号，默认为1.0。
• --intermediate_output_fp : 指定中间过程的输出文件路径。
• --retain_missing_samples : 在合并OTU表格时，保留未出现在所有输入OTU表格中的样本ID。
• --remove_empty_rows : 在输出合并后的OTU表格时，删除所有没有OTU数据的行。

示例

以下示例展示了如何使用merge_otu_tables.py合并三个OTU表格，并在输出结果时删除所有没有OTU数据的行。

输入文件夹：path_to_input_dir 输出结果：merged_otu_table.biom

merge_otu_tables.py -i path_to_input_dir -o merged_otu_table.biom --remove_empty_rows

返回结果

MergeOTUTable的执行结果为一个BIOM格式文件，其中包含了合并后的所有样本的OTU数据，还可以指定将样本信息和OTU编号信息保存在单独的文件中进行输出。具体的返回结果示例请见以下markdown代码片段：

# 样本信息文件
# Constructed from biom file
#OTU ID	Sample1	Sample2	Sample3
Sample1	1.0	0.0	4.0
Sample2	32.0	7.0	3.0
Sample3	80.0	20.0	10.0
Sample4	13.0	11.0	0.0

# OTU ID文件
# Constructed from biom file
Sample1	1
Sample1	2
Sample1	3
Sample1	4
Sample2	5
Sample2	6
Sample2	7
...
Sample3	9
Sample3	10
Sample3	11
Sample4	12
Sample4	13

# OTU表格文件
# Constructed from biom file
#OTU ID	Sample1	Sample2	Sample3
OTU1	1.0	32.0	80.0
OTU2	0.0	7.0	20.0
OTU3	4.0	3.0	10.0
OTU4	13.0	11.0	0.0

以上就是merge_otu_tables.py的主要介绍，使用该程序可以快速实现多样本的OTU数据汇总与分析，为后续的生物信息学分析提供了方便和支持。