介绍：Biom中的OTU表格TSV

什么是Biom？

Biom是一个生物学家使用的标准格式，用于存储和共享微生物组数据。 它由Python编写，可作为一个Python库使用，或通过命令行工具对其进行访问。 Biom文件是一个包含表格数据和元数据的文本文件，旨在存储小型到大型的微生物组数据。

什么是OTU表格？

OTU表格（操作式分类单元表格）是微生物组数据的一种表示方法。它是一个n×m的矩阵，其中n是样本数量，m是每个样本所检测到的OTU数量。在OTU表格中，OTU代表一个物种、一个基因型或一个操作式分类单元。

OTU表格TSV是什么？

OTU表格TSV是指采用制表符作为分隔符的OTU表格文件，以文本形式存储。 在Biom的实现中，OTU表格TSV文件包含一个表格数据部分，一个样本ID列表和OTU ID列表，以及可选的行注释和列注释，以便于数据的组织和描述。行注释中通常包括有关样本的信息，如采样时间或其他反映其环境的参数的信息。列注释中通常包括有关OTU的信息，如它们的分类信息。

如何使用Biom中的OTU表格TSV？

使用Biom中的OTU表格TSV，您需要安装Biom库并启动Python交互式解释器或Python脚本。有关如何安装Biom，请参见BiomeWiki网站。

在Python交互式解释器中，您可以使用以下代码片段来加载OTU表格TSV文件：

from biom import load_table

biom_table = load_table('otu_table.tsv')

在此代码段中，变量'biom_table'是Biom库中所定义的Table对象，该对象包含OTU表格TSV文件中的表格数据和元数据。 如果需要，您可以在Table对象上执行各种操作，例如方差过滤、样品聚类、Alpha和Beta多样性指数计算等。

总结：

Biom中的OTU表格TSV是存储微生物组数据的标准格式，用于便于数据的组织和描述。 它包含OTU ID列表和样本ID列表，以及可选的行注释和列注释。 使用Biom库，您可以轻松地加载OTU表格TSV文件并对其进行各种操作，以便于微生物组数据的分析和处理。

References:

1. McMurdie, P.J. and Holmes, S. (2013) "phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data", PlosOne doi:10.1371/journal.pone.0061217
2. Caporaso, J.G. et al. (2010) "Qiime allows analysis of high-throughput community sequencing data", Nature Methods, doi:10.1038/nmeth.f.303