samtools mapq 过滤器

samtools mapq 过滤器是一个用于 SAM/BAM 文件的命令行工具，其目的是根据比对质量（mapping quality）过滤样本。

使用方法

要使用 samtools mapq 过滤器，您需要已经安装了 Samtools 工具包。然后，通过以下命令来运行过滤器：

samtools view -q <MAPQ> <INPUT_FILE> > <OUTPUT_FILE>

• <MAPQ>：比对质量的阈值。这个值越高，过滤出来的比对结果就越精确。建议值为 20 或 30。
• <INPUT_FILE>: 输入的 SAM/BAM 文件路径。
• <OUTPUT_FILE>: 输出的 SAM/BAM 文件路径。

示例

下面是一个示例，我们将把比对质量阈值设为 20，将 input.bam 文件过滤后保存到 output.bam 文件：

samtools view -q 20 input.bam > output.bam

在上面的示例中，我们只保存比对质量大于等于 20 的结果到输出文件。

注意事项

• 这个过滤器只能过滤比对结果的质量，而不能改变原始文件。
• 如果文件的格式不规范，这个过滤器可能会出现错误。
• 使用过滤器需要一定的计算资源，因为需要对文件进行遍历。

参考文献

• Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, et al. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics (Oxford, England). 2009;25(16):2078–9. doi:10.1093/bioinformatics/btp352.