使用 pydicom 和 matplotlib 查看 DICOM 图像

先决条件： Matplotlib

DICOM 代表医学数字成像和通信。引入 DICOM 文件是为了保持不同类型的医学图像模式之间的一致性。它是查看、存储、共享和检索医学图像的标准格式。

Python提供了一个强大的模块pydicom来处理 DICOM 文件，例如医学图像、报告和放射治疗对象。 pydicom在 DICOM 文件中读取、修改和写入数据。

安装

在命令提示符中运行以下命令：

pip install dicom

编程需要懂一点英语

pip install matplotlib

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pydicom 使我们能够处理 DICOM 文件，在本文中，我们将讨论使用 pydicom 和 matplotlib 查看 DICOM 文件的机制。为了读取 DICOM 文件，我们使用 pydicom 包并使用 matplotlib 查看结果。

给定输入

存储 dicom 文件的路径作为参数传递给data_manager.get_files方法。

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将 pydicom 与 matplotlib 一起使用

解释：

导入模块
使用pydicom.data.data_manager.get_files()方法读取 DICOM 文件

Syntax :

pydicom.data.data_manager.get_files(base,pass_dicom)[0]

Parameter:

Base : is base directory to recursively search as a string.
Pattern : By default it is “*”. It is a string pattern which is used to filter the files.

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提供 2 个参数：base 和 pattern
将数据显示为图像，即在二维常规栅格上。
显示图像

注意：在变量名称库中输入不包括文件名的 dcm 文件的位置，并在 pass_dicom 变量中输入文件名。在这种情况下，文件存储在名为 dicom_image 的目录中，如下所示：

从这里下载 dcm 文件并将其重命名为：1-12.dcm

将地址栏中显示的路径与变量 base 和 pass_dicom 中存储的值进行比较

程序：

Python3

import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom
import pydicom.data
  
# Full path of the DICOM file is passed in base
base = r"C:\Users\Ajit Gupta\Documents\dicom image"
pass_dicom = "1-12.dcm"  # file name is 1-12.dcm
  
# enter DICOM image name for pattern
# result is a list of 1 element
filename = pydicom.data.data_manager.get_files(base, pass_dicom)[0]
  
ds = pydicom.dcmread(filename)
  
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)  # set the color map to bone
plt.show()

输出：