将 biom 转换为 tsv - Shell/Bash

此文将介绍如何使用 Shell/Bash 脚本将 biom 格式的文件转换为 tsv 格式的文件。

简介

biom 格式是一种二进制格式，一般用于将大规模的生物信息数据存储，如 16S rRNA 测序结果。但是由于是二进制格式，因此不太方便进行后续的分析。tsv 是一种常用的文本格式，比较方便进行各种统计计算和数据可视化。

因此，我们需要将 biom 转换为 tsv 格式。

安装依赖

在进行转换之前，需要安装 biom 格式的 python 库：

pip install biom-format

将 biom 转换为 tsv

在安装好依赖之后，我们就可以使用 python 的命令行工具 biom 对文件进行转换了。假设我们要将名为 example.biom 的文件转换为 tsv 格式：

biom convert -i example.biom -o example.tsv --to-tsv

其中：

• -i 表示输入文件名
• -o 表示输出文件名
• --to-tsv 表示要进行的转换操作，这里选择转换为 tsv 格式

如果顺利执行完毕，可以在当前目录下看到一个名为 example.tsv 的文件，即为转换后的 tsv 文件。

进一步的处理

如果需要对生成的 tsv 文件进行进一步的处理，可以使用其他的命令行工具和脚本语言，如 awk、sed、R 等等。

总结

通过本文，我们了解了如何使用 Shell/Bash 脚本将 biom 格式的文件转换为 tsv 格式的文件。这样就可以方便地进行后续的统计计算和数据可视化。