将数组存储到 NII 文件 - Python

在医学图像处理中，常常需要使用 NIfTI 格式的文件。NIfTI 文件存储一些头信息和图像数据，常常使用 .nii 或 .nii.gz 的扩展名。

本文将介绍如何将数组数据存储到 NIfTI 文件中，使用 Python 语言的 nibabel 库。

安装 nibabel 库

在终端或命令提示符中使用以下命令可安装 nibabel 库：

pip install nibabel

创建数组数据

我们首先需要创建一个数组数据，用于存储到 NIfTI 文件中。下面是一个例子：

import numpy as np

data = np.zeros([3, 3, 3])
data[1, 1, 1] = 1

这里创建了一个 3x3x3 的三维数组，其中只有中心点的像素值为 1，其余都为 0。

创建 NIfTI 文件

我们可以使用 nibabel 库的 Nifti1Image 类，创建存储数组数据的 NIfTI 文件。

import nibabel as nib

# 创建 NIfTI 文件
nii_img = nib.Nifti1Image(data, np.eye(4))

# 保存 NIfTI 文件
nib.save(nii_img, 'test.nii.gz')

这里，我们首先使用 nib.Nifti1Image 创建 NIfTI 文件，并传入数据 data 和头信息。其中，头信息使用了 np.eye(4)，表示单位矩阵。然后使用 nib.save 函数，将 NIfTI 文件保存到磁盘上。

总结

本文介绍了如何使用 nibabel 库，将数组数据存储到 NIfTI 格式的文件中。你也可以使用类似的方法，将其他格式的图像数据存储到 NIfTI 文件中。