如何在R中的热图中显示图例？

在R语言中，可以使用heatmap()函数绘制热图。热图是一种用不同颜色表示数值的二维图形，通常用于可视化矩阵数据。然而，默认情况下，热图中不会显示图例，因此本文将介绍如何在R中的热图中显示图例。

1. 安装和加载所需的R包

在开始之前，请确保安装了以下R包：gplots和RColorBrewer。您可以使用以下命令来安装它们：

install.packages("gplots")
install.packages("RColorBrewer")

然后，在R中加载它们：

library(gplots)
library(RColorBrewer)

2. 创建示例数据

我们将使用mtcars数据集来演示如何在热图中显示图例。mtcars数据集包含了32款不同的汽车，以及它们的MPG、马力、排量等信息。

data("mtcars")

3. 绘制热图并显示图例

首先，我们使用heatmap()函数来绘制热图：

heatmap(mtcars)

这将生成一个简单的热图，但是没有图例：

为了在热图中显示图例，我们需要使用heatmap.2()函数。此函数是gplots包中的增强版本，可以提供更多的选项和更好的图例支持。

heatmap.2(mtcars, trace="none", dendrogram="none", Colv=FALSE, scale="row", col=brewer.pal(9, "YlOrBr"), key=TRUE, keysize=1.0, key.title="MPG", symkey=FALSE)

让我们来解释一下这些参数：

• trace="none"：不显示行名和列名。
• dendrogram="none"：不显示行聚类和列聚类。
• Colv=FALSE：不在侧面显示列聚类。
• scale="row"：对行进行缩放，而不是对整个矩阵进行缩放（这可以更好地突出显示每行之间的差异）。
• col=brewer.pal(9, "YlOrBr")：使用9个颜色的YlOrBr调色板。
• key=TRUE：在热图旁边显示图例。
• keysize=1.0：设置图例的大小。
• key.title="MPG"：设置图例标题。
• symkey=FALSE：设置图例为连续性的，而不是离散性的。

现在，让我们看看生成的热图及其图例：

可以看到，图例显示了颜色范围以及相应的值。此外，由于我们使图例大小等于1.0，因此它实际上与热图具有相同的大小，从而使两者更加匹配。

4. 进一步自定义图例

对于更高级的用户，可以对图例进行更多的自定义操作。例如，您可以改变图例中数字的大小和颜色，或者将图例放在热图的不同位置。

为了演示这一点，以下是一个更自定义的示例：

heatmap.2(mtcars, trace="none", dendrogram="none", Colv=FALSE, scale="row", col=brewer.pal(9, "YlOrBr"), key=TRUE, keysize=1.5, cexCol=0.8, cexRow=1.2, symkey=FALSE, density.info="none", margins=c(7,10), main="MPG Heatmap")

这里有几个新参数：

• cexCol=0.8：设置列名的大小。
• cexRow=1.2：设置行名的大小。
• density.info="none"：不显示每个单元格中数字的密度，因为它们可能会干扰图例。
• margins=c(7,10)：将热图的边距设置为7点和10点。这使得图例看起来更紧凑，并将它们与热图分开。
• main="MPG Heatmap"：设置图形的主标题。

以下是生成的热图：

可以看到，现在数字更大，颜色更深，图例更紧凑，并且图例处于热图下方而不是侧面。这是一种更高级的自定义方法，可以将热图与您的具体数据集匹配。

结论

本文介绍了如何在R中的热图中显示图例。通过使用gplots包中的heatmap.2()函数，我们可以轻松地添加图例，并灵活地自定义设置以满足我们的需求。希望本文能对您有所帮助！