Biopython-序列I/O操作

Biopython是一个用于生物信息学的Python库。它包含了各种生物信息学任务所需的模块和函数。其中，序列I/O操作模块使得读写和解析生物信息学序列文件变得更加容易。

安装

你可以使用pip来安装Biopython：

pip install biopython

读取序列

你可以使用Bio.SeqIO模块来读取序列文件，以下代码演示如何读取以FASTA格式存储的序列文件：

from Bio import SeqIO

records = SeqIO.parse("example.fasta", "fasta")

你可以使用for循环来遍历所有记录并打印它们：

for record in records:
    print(record.id)
    print(record.seq)

写入序列

你也可以使用Bio.SeqIO模块来写入序列文件，以下代码演示如何将记录保存为FASTA格式的文件：

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord

record = SeqRecord("ACGT", id="seq1")
SeqIO.write(record, "example.fasta", "fasta")

文件格式

Bio.SeqIO模块支持许多不同的文件格式，比如FASTA、GenBank、Swiss-Prot等。你可以在读取或写入文件时指定文件格式。

SeqIO.parse("example.fasta", "fasta")
SeqIO.write(record, "example.gb", "genbank")

总结

本文介绍了如何使用Biopython来读取和写入序列文件。Bio.SeqIO模块支持许多不同的文件格式，使得生物信息学序列文件的读写变得更加容易。