如何在 R 中修复：对比只能应用于具有 2 个或更多级别的因子

当你尝试使用 t.test() 或其它涉及到对比（比如方差分析）的函数时，可能会遇到这样的错误："contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels"。这是因为 R 中的对比（contrasts）要求因子（factor）必须有两个以上的水平（level）才能进行。

如果你遇到这个错误，那么你需要检查你的因子是否具有足够的水平。如果没有，请查看下面的方法来修复这个问题。

使用 factor() 函数

如果你的数据是字符型或数值型，你需要将其转换为因子型并为其赋值水平。你可以使用 factor() 函数来执行这个任务。

在下面的示例中，我们将一个字符向量转换成了一个因子，并指定了两个水平：A 和 B。

vec <- c("A", "B", "B", "B", "A", "A")
fac <- factor(vec, levels=c("A", "B"))

使用 as.factor() 函数

如果你的数据已经是一个向量或数据框中的一列，并且是字符型或数值型，你可以使用 as.factor() 函数来将其转换成因子型。在下面的示例中，我们将一个字符型向量转换成了因子型。

vec <- c("A", "B", "B", "B", "A", "A")
fac <- as.factor(vec)

指定对比

一旦你的因子具有两个以上的级别，你就可以使用 t.test() 或其它涉及到对比的函数了。如果你的因子具有三个及以上的级别，并且你想指定一个特定的对比，请使用 contrast() 函数。在下面的示例中，我们指定了 A 和 B 之间的对比。

library(multcomp)
# some example data
x1 <- rnorm(10, mean=1, sd=2)
x2 <- rnorm(10, mean=3, sd=3)
x3 <- rnorm(10, mean=5, sd=4)
fac <- factor(rep(c("A", "B", "C"), each=10))
# create the contrasts to test
contrasts(fac) <- contr.treatment(3)
# test the contrasts
mc <- glht(aov(c(x1,x2,x3) ~ fac), linfct=mcp(fac="A-B"))
summary(mc)

这个例子中，我们创建了一个由三个因子级别组成的因子 fac，并使用 contr.treatment() 函数创建了一个对水平进行对比的矩阵。我们然后使用 mcp() 函数创建了一个指定对比的矩阵，并使用 glht() 函数进行多重比较检验（multiple comparison test）并输出了结果。