Biopython – Entrez 数据库连接

NCBI 提供了一个名为 Entrez 的在线搜索系统。这提供了对广泛的分子生物学数据库的访问，它还提供了一个集成的全局查询系统，支持布尔运算符和字段搜索。结果从所有数据库返回，其中包含来自每个数据库的点击次数、原始数据库链接等信息。

为此，Biopython 有一个名为Bio.Entrez的 Entrez 特定模块。Entrez 模块从 Entrez 搜索系统返回的 XML 文件中提取信息，并将其显示为Python字典和列表。连接数据库的步骤如下：

方法

• 导入所需的模块。
• 设置电子邮件以识别谁已连接。
• 设置Entrez工具参数，默认为Biopython。
• 调用einfo()方法以获取有关每个数据库的信息。
• 阅读einfo()方法提供的信息。
• 这样获取的数据是XML格式的，所以要在Python对象中使用read()方法来获取这些数据
• 现在记录是只有一个键的字典格式。
• 通过访问DbList键，返回一个数据库列表。

生成的程序应该类似于下面给出的代码：

Python3

# Import libraries
from Bio import Entrez
  
# Setting email
Entrez.email = '[e-mail]'
  
# Setting Entrez tool parameter
Entrez.tool = 'Demoscript'
  
# Gathering information
info = Entrez.einfo()
  
# Reading Info as XML
#data = info.read()
  
# Parsing info as python object
record = Entrez.read(info)
  
# Getting record key
record.keys()
  
# Parsing records
record[u'DbList']

输出：