Biopython——Entrez数据库搜索操作

NCBI 提供了一个名为 Entrez 的在线搜索系统。这提供了对广泛的分子生物学数据库的访问，它还提供了一个集成的全局查询系统，支持布尔运算符和字段搜索。结果从所有数据库返回，其中包含来自每个数据库的点击次数、原始数据库链接等信息。

使用的功能

Biopython Entrez 配备了两种方法来对数据库执行搜索操作：

• Biopython 有一个名为 esearch ()的 Entrez 特定方法来搜索任何一个 Entrez 数据库。它接受位置参数数据库和我们要搜索的术语。如果分配了错误的数据库，则会引发错误。

句法：

Bio.Entrez.esearch(database, term)

• 要在所有数据库中搜索任何查询，请使用egquery()方法。它类似于Entrez.esearch()方法，除了它只接受 term 参数跳过数据库参数。

句法：

Bio.Entrez.egquery(term)

方法

• 导入所需的模块。
• 设置您的电子邮件以识别谁与数据库连接。
• 设置Entrez工具参数，默认为Biopython。
• 使用上面提供的任何方法和适当的参数。
• 返回的数据将是 XML 格式，因此要在Python对象中获取此数据，请使用Entrez.read()方法读取对象
• 阅读提供的信息。

下面给出了使用这两种方法的实现：

示例 1：使用 esearch()

Python3

# Import libraries
from Bio import Entrez
  
# Setting email
Entrez.email = '[e-mail]'
  
# Setting Entrez tool parameter
Entrez.tool = 'Demoscript'
  
# Searching for database
info = Entrez.esearch(db="nucleotide", term="genome")
  
# reading records
record = Entrez.read(info)
  
# Showing records
print(record)

输出：

示例 2：使用 egquery()

蟒蛇3

# Import libraries
from Bio import Entrez
  
# Setting email
Entrez.email = '[e-mail]'
  
# Setting Entrez tool parameter
Entrez.tool = 'Demoscript'
  
# Searching for database
info = Entrez.egquery(term="genome")
  
record = Entrez.read(info)
for row in record["eGQueryResult"]:
    print(row["DbName"], row["Count"])

输出 ：